废水生化处理的调试主要是在微生物培养的基础上进行的，根据微生物的好氧条件可分为好氧处理、同步好氧处理和厌氧处理，根据微生物的生长形态可分为活性污泥法和生物膜法。根据废水和微生物的形态，可分为完全混合型、序批式等，而反应器的形式又可分为更多的类型。
1、温度
温度在生化培养过程中起着重要的作用。各个生化反应系统和各个运行阶段的温度的测量和分析仍然对生化污泥的驯化和培养过程起着指导作用，并帮助管理者和运营者对系统的运行和管理做出正确而及时的判断。
温度极大地影响活性污泥中的微生物活性程度(包括厌氧、兼性和好氧)以及诸如溶解氧、通气等的影响，同时影响生化反应的速率。不同类型的微生物在不同的温度范围内生长。根据微生物适应的温度范围，微生物可分为三类：中温、高热、高寒。中温微生物的生长温度为20～45℃，低温好微生物在20℃以下，高温好微生物在45℃以上。
一般废水处理中主要是中等温度的细菌进行生物需氧生物处理，生长和繁殖的最佳温度为20℃~37℃。当温度超过最高生物生长温度时，会迅速使微生物的蛋白质变性，破坏酶系统，失去活性。在严重的情况下，微生物会死亡。低温会降低微生物的代谢活性，进而停止生长繁殖，但仍保存其生命力。厌氧生物处理中温甲烷细菌的最佳温度范围在20℃至40℃之间，高温为50℃~60℃。厌氧生物处理通常使用33℃~38℃和50℃~57℃的温度。
2、pH值
不同的微生物具有不同的pH适应范围。例如，细菌、放线菌、藻类和原生动物的pH值从4到10不等。大多数细菌适合于中性和碱性环境(pH6.5至8.5)，硫化物氧化剂喜欢生活在最适pH值为3的酸性环境中，也可以生活在pH值为1.5的环境中。大多数细菌适合于中性和碱性环境(pH6.5~7.5)。酵母和霉菌需要生活在酸性或酸性环境中。最适pH值为3.0和6.0，最适pH值为1.5~10。
在废水生物处理过程中，维持最佳pH值范围是非常重要的。采用活性污泥法处理废水，当曝气池中混合物的pH值达到9.0时，原生动物由活性变为停滞，细菌胶束的粘性物质解体，活性污泥的结构遭到破坏，处理效率明显下降。当进水pH值突然降低时，曝气池混合液呈酸性，活性污泥结构发生变化，二沉池中出现大量浮泥。
成熟的生物系统具有很强的抵抗冲击负荷的能力，但如果pH值在很大范围内变化，将影响反应堆的效率，甚至对微生物造成毒性，导致反应堆失效因为pH值。这种变化可能导致细胞电荷的变化，进而影响微生物对营养物质的吸收和微生物代谢中酶的活性。
